ライフサイエンスの発展に貢献する未来志向の貿易商社|グローバル・マーケティング|東京未来スタイル

開発アドバイザー：　 奈良科学技術大学院大学：小笠原直毅教授、金谷重彦教授、東京工業大学の黒川顕教授の協力の下に開発されています。
販売開始日： 2005年4月1日

★本商品 (IMC) のより詳細な情報につきましては、以下のメーカーホームページをご参照ください。 http://www.insilicobiology.co.jp/Pages/Products/IMC/IMC_MainJP.html

開発アドバイザー： 海洋研究開発機能（高見ディレクター）の協力の下に開発され、奈良科学技術大学院大学：小笠原直毅教授、金谷重彦教授、東京工業 大学の黒川顕教授のアドバイスを受けています。インシリコアセンブラーは、九州大学久原哲教授の協力の下に開発されています。
販売開始日： 2005年10月11日

★本商品 (MGG) のより詳細な情報につきましては、以下のメーカーホームページをご参照ください。
http://www.insilicobiology.co.jp/Pages/Products/MGG/MGG_MainJP.html

販売開始日： 2007年12月1日

膨大な量の生物配列データが蓄積されつつあり、解析に使用する塩基配列やアミノ酸配列の入手が次第に難しくなってきています。目的の配列データを得るために は、しばしば変更されるデータ提供サイトの使い方に精通している必要がありますが、日常的にこれらのデータを使っている人以外には、時間のかかる作業と なっています。また、大量にかつ頻繁に更新されるデータを常にローカルな環境に保存するにも、煩雑な作業が要求されています。インシリコバイオロジー社は、これらの面倒な作業をサポートするために、このスパイダー シリーズを開発いたしました。

GenomeTravelerは、IMCとMGGの中枢機能を統合した次世代シーケンサ配列解析用ソフトウェアです。

GenomeTraveler開発の背景

• ■ 短い塩基配列を大量かつ高速に決定できる新型DNAシーケンサが急速に普及し、研究利用開始されつつあり、リシーケンシングやマッピングのみ ならず、新型シーケンサ配列のDeNovoアセンブルも実用化されています。
• ■ この新型シーケンサは、より大きな応用分野をもつと期待されており、エピゲノム解析や、各種変異解析への重要な手段となりえます。
• ■ 一度に数千万フラグメント以上もの塩基配列が出力される新型シーケンサのデータを取り扱うには、大型コンピュータが必要であるとされていますが、弊社はこ の処理を通常のノートPCやMacで実行できるMetaGenomeGAMBLER(MGG)を開発してきました。
• ■ しかし、MGGは新型シーケンサ配列の基本的マッピングおよびリシーケンシング機能は有するものの、注釈表示機能をもたず、既存の注釈情報や タイリングアレイプロファイルなどの全ゲノム網羅的情報も関節的にしか表示できませんでした。
• ■ この問題を克服するためにMGGの機能と、in silico MolecularCloningに実装しているアノテーション機能との統合を図り、既存の注釈を同時に表示し、関連づけることにより、類似マッピングパ ターンを示す複数箇所のグラフィカルな比較を実現しました。

MGGやin silico MolecularCloningの全機能をGenomeTravelerに取り込むわけではありません。

GenomeTravelerの機能と特徴

• ■ マッピング機能
• ・ 大量配列を参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、可視化します。
• ・ 複数の染色体別に同時にマッピングできます。
• ・ ペアエンドのマッピングが可能です。
• ・ 3種の新型シーケンサ配列データに対応しています。
• Roche/454 GS FLX
• ABI SOLiD
• illumina GA
• FastQ
• CSFastA
• ・ 新型シーケンサ配列以外の従来配列データも同時にマッピング可能です。
• GenBank/EMBL
• FastA
• Plain Text
• ABI/SCF
• PHD
• ■ ゲノムレベルビューア機能
• ・ 参照ゲノムへのマッピング結果を、染色体全体の鳥瞰図から、塩基配列までズームインできます。
• ・ 参照ゲノム配列上のすべての既存のフィーチャーを、マッピングされたShort Readsと並行して閲覧することができます。
• ・ 全ゲノム、全染色体間をスムーズにナビゲートします。
• ■ 比較表示機能
• ・ IMCのフィーチャーマップ機能を搭載しています。
• ・ タイリングアレイプロファイルとの並列表示が可能です。
• ・ 任意のゲノム位置特異的数値プロファイルを並列表示可能です。
• ■ インポート機能
• ・ 他ソフトウェアによるマッピング結果をインポートし、表示します。
• BED
• GFF
• SAM/BAM
• その他
• ■ 検出・同定機能
• ・ 変異箇所を自動抽出し、既存のSNP注釈と比較表を作成、CSV出力します。
• ・ ピーク検出し、フィーチャーとして登録します。
• ■ ユーティリティ
• ・ 任意のゲノム断片領域にマッピングされたShort ReadsをFastQ形式でファイル再出力できます。
• ■ IMCの解析機能を順次取り込んでいます（下記参照）。

取込み予定のIMC機能（順次搭載）

• ■ フィーチャーマップ表示機能（搭載完了）
• ■ 任意のプロファイル表示機能（搭載完了）
• ■ フィーチャーレイアウトスタイル機能（搭載完了）
• ■ フィーチャー登録機能（搭載完了）
• ・ 変異箇所のフィーチャー自動登録
• ・ ピーク位置のフィーチャー自動登録
• ■ フィーチャー検索機能（搭載完了）
• ■ フィーチャーインポート・マッピング機能（搭載完了）
• ・ SNPs配列マッピング
• ■ ORF探索機能
• ・ 一部遺伝子同定機能は外部ソフトウェアの結果インポートで実現
• ■ 自動アノテーション機能
• ・ 一部遺伝子同定機能は外部ソフトウェアの結果インポートで実現
• ■ 配列パターン検索機能
• ■ キーワード検索機能（搭載完了）
• ■ DDBJ/GenBank/EMBLファイル生成機能（搭載完了）
• ■ プライマー設計機能（搭載完了）
• ■ アレイプロファイル表示機能（搭載完了）

今後の機能開発方針

GenomeTravelerは、利用者の要望を最大限に取り入れ、利用者と共により利用価値のあるソフトウェアを目指します。

• ■ 利用者の要望を取り入れる会員制要望投稿ページを設けます。
• ・ 以前お知らせした「機能投票システム」は、基盤となるSNSソフトウェアに機能不足があり、現在運用ペンディング中です。
• ■ 追加機能の開発は、その投稿結果を重視します。
• ■ なお、この仕組みは順次弊社開発の全製品に拡大します。